Это патогены (не условные патогены, как предыдущий "житель", а абсолютные патогены)
И в норме их быть не должно.
Вот тут надо разбираться очному врачу. Если есть клинические симптомы, причиной которых, по мнению врача, могут быть эти микроорганизмы - назначается курс антибиотиков и по их окончанию - контрольный мазок. Если же ребенок в настоящее время полностью здоров, то лечить их не надо. Это называется носительство, или бактерионосительство.
Есть некоторые виды бактерионосительства, которые даже без клинической картины (то есть у внешне совершенно здорового человека) требуют антибиотиков, их мало. Классический пример - менингококк. Это крайне опасный микроб, и если человек его носит, то когда-нибудь он при тесном контакте заразит ребенка, и этот ребенок может умереть за несколько часов от молниеносного сепсиса. Менингококк может вдруг поразить и самого носителя, но такой риск ниже. Из этих соображений - носителей менингококка непременно санируют.
А есть носительство, которое не требует санации. Например, БГСА (бета-гемолитический стрептококк группы А, возбудитель ангины, скарлатины, рожистого воспаления) Вы могли читать на РМС, что обычная ангина антибиотиками не лечится, они нужны только если взяли мазок и нашли БГСА. Так вот этот самый, страшный БГСА, будучи обнаруженным при случайном обследовании (мазок взяли не при ангине, а по иной причине, у здорового внешне человека) - антибиотиков не потребует. Ну, почти всегда не потребует, есть все же редкие случаи когда надо санировать - но должна быть причина, не будем углубляться, иначе я запутаю Вас окончательно.
Вот в Вашем случае - именно эта ситуация, то есть срочная санация не требуется. Возбудитель есть, ребенок носитель, но в данный момент, пока нет достаточных причин для антибиотиков, антибиотики принесут ребенку больше вреда чем пользы, и их прием нецелесообразен. Более того, антибиотики в остром случае (в разгар инфекции) - могут подавить бактерию и привести к выздоровлению, но это не значит что они непременно санируют (полностью убивают) все до одного микробы в организме. И уж тем более, нет никаких гарантий, что пролеченный антибиотиками ребенок - не выделит в посеве все те же микробы сразу после лечения, или не подхватит их в форме носительства через непродолжительное время после истинной санации.
Вот как все сложно в микробиологии

Понимаете теперь скепсис наших (форумных) врачей, когда нам, например, дают в топике анализ крови и просят определить по нему есть ли бактериальная инфекция, нужен ли антибиотик и какой?
А вот прививки я бы на Вашем месте сделал непременно. Они и так то нужны в этом возрасте, а ребенку-носителю и подавно. Вакцина - это Вам не временный антибиотик на 5 дней, который кончили принимать и эффект пропал. Это препарат, который создаст защитный уровень антител, научит самого ребенка бороться с этой инфекцией, и сведет риск заболеваний, вызванных этим возбудителем - к нолю, и будет дейстовать минимум 5 лет. После развития устойчивого иммунитета (через месяц-два после прививок) ребенок скорее всего сам санируется, своими силами, без антибиотиков. Но даже если не так, и он останется носителем - ему самому эти микробы будут практически неопасны, только окружающим деткам.
Для вакцинации используйте вакцину Превенар и АКТ-ХИБ. Требуется однократное введение каждой, их можно сделать в один день в разные места.
PS а вот с выводом в сад ребенка-носителя - могут быть проблемы. И вот из этих соображений - Вам могут предложить антибиотик прямо сейчас, и не выпускать в сад до получения "чистого" мазка из зева. Если так случится - напишите об этом здесь, обсудим, это отдельный разговор.