1. Это ГЭРБ. С осложнениями.
Не 100%, но вероятнее всего.
http://forums.rusmedserv.com/showthread.php?t=209436
Заочно советы давать не могу, ищите хорошего педиатра. Но если так пойдет дальше - с ГВ, скорее всего, придется уйти. На антирефлюксные смеси или гидролизаты.
На Вашем месте я бы сейчас озаботился поиском монозагустителей, которые можно смешивать с ГВ. Но буквально год назад коллега в Москве пыталась найти их - безрезультатно.
Если есть друзья, летающие в Европу - назовите страну, попытаюсь найти торговое название, закажете из-за рубежа. Если они там безрецептурные, конечно
2. Это симптомы респираторных осложнений (см статью по ссылке)
3. Клебсиелла ни при чем. Бактериофаг - в унитаз. Педиатра - сменить.