Из инфекционистов информацией по Москве должен владеть доктор Ветров, он сейчас все форума. Действительно, энцефалит в московском регионе не очень вероятен, да и симптомы не те. Для болезни Лайма тоже характерен инкубационный период. Мне кажется, у Вашей жены это нервное.
А информацию по лабораторной диагностике в Москве попытайтесь получить в каком-нибудь инфекционном стационаре.