Здравствуйте!
Пиелонефрит без температуры не бывает.
Про ИМВП информация здесь:
https://forums.rusmedserv.com/showthread.php?t=53358
Здоровому ребенку без жалоб, конечно, не надо сдавать мочу для контроля лейкоцитов. И Вы правильно сказали о высокой вероятности собрать "грязно" мочу.
Обычной гигиены достаточно.
ОАМ придётся пересдать. Будут сомнения (плюс цвет мочи, запах) - двукратно посев.