Напротив, именно в растворенном виде лекарства всасываются гораздо лучше, чем в нерастворенном (что означает взвесь или просто осадок

). И большинство лекарств в кислой среде растворяется лучше, чем в нейтральной.
Кроме того, основное место всасывания большинства лекарств не в желудке, а в тонком кишечнике, где среда совсем другая. Ваши опасения беспочвенны.